Le Conseil d'Administration de la Ligue National a modifié le fonctionnement de la Coupe de la Ligue. Le calendrier a été avancé par rapport aux saisons passées; les quarts de finale auront lieu avant la trêve hivernale et la finale le 31 mars. Les deux clubs qualifiés directement en Ligue des Champions sont exemptés des 1/16e de finale, un tableau avec 4 têtes de série est mis en place par tirage au sort à compter des 1/8e de finale et jusqu'à la finale. Les 4 têtes de série sont les quatre premiers du championnat de la saison précédente, à moins que l'un d'entre eux ait été éliminé en 16e de finale.

Enfin, un 1er tour est organisé entre les clubs pro de National et autant de clubs de Ligue 2. Au départ la Ligue avait prévu de faire jouer ce tour fin juillet ou début août, et donc pourquoi pas avant le début du championnat. Finalement, le premier tour a été fixé au 15 août 2006. Le tirage au sort, ainsi que celui du 2e tour, sera effectué à l'occasion de la finale du Trophée des Champions, le dimanche 30 juillet 2006 au stade Gerland. Les six clubs qui participent à ce 1er tour sont les promus en Ligue 2 (Niort, Libourne, Tours) et les relégués en National (Clermont, Laval, Sète).